Cточная вода поступает в септическую зону грубого осадка (1-я камера), где задерживаются жиры, плавающие элементы, неосаждаемые частицы и поверхностно-активные вещества. Плавающие вещества образуют увлажнённую губчатую структуру, необходимую для роста грибков.
Твёрдые вещества выпадают в осадок и скапливаются на дне в виде биомассы, насыщенной микроорганизмами. Далее через систему блокиратора сточные воды поступают во 2-ю камеру септика, где происходит первичное осаждение хлопьев, полученных в результате жизнедеятельности микроорганизмов. Отверстие блокиратора расположено ниже уровня зеркала воды, что обеспечивает его стабильное состояние, необходимое для роста колонии бактерий.
Затем сточные воды через блокиратор поступают в 3-ю камеру. При прохождении блокиратора хлопья, не выпавшие в осадок, уплотняются и выпадают в осадок в виде мелкодисперсной взвеси. Органические соединения, перешедшие в ходе анаэробных процессов из растворённого состояния во взвешенное, также выпадают в осадок.
Особенности конструкции септика (герметичность корпуса и наличие блокираторов (гидрозатворов)) на входе и выходе камер позволяют поддерживать дефицит свободного кислорода и обеспечивать анаэробный процесс очистки сточных вод. В реакционных зонах работают сначала факультативные микроорганизмы, а затем метаногенные бактерии.
Анаэробный процесс проходит в две стадии:
- первая стадия (кислое брожение): белки, жиры и углеводы разрушаются до ряда низших жирных кислот, двуокиси углерода, аммония, сероводорода, спиртов и других соединений;
- вторая стадия (метановое брожение): жирные кислоты, спирты и другие соединения, образовавшиеся на первой стадии, разлагаются до метана, двуокиси углерода, водорода.